UNITÉ TECHNOLOGIQUE : IMMUNOMONITORING

Identification et suivi de biomarqueurs, développement de tests à façon.

Immunomonitoring

LES ENJEUX

Nous disposons aujourd’hui de moyens d’analyse, tels que la cytométrie de masse, capables de générer des volumes d’information considérables. Ces outils nous imposent de mettre en place de nouvelles méthodes d’analyse afin d’en extraire les données pertinentes. Si les aspects analytiques représentent un enjeu capital pour notre discipline, nous devons également nous assurer de la signification biologique des données ainsi analysées.

La sensibilité extrême de certains analyseurs nécessite de pouvoir discriminer ce qui relève du monitoring immunologique de ce qui résulte d’un artefact de manipulation. La maîtrise des étapes pré-analytiques, ainsi que leur impact sur les résultats des analyses, représente également un enjeu majeur pour notre unité.

OBJECTIFS

Nos objectifs en cours, qui ont pour but in fine d’apporter une forte valeur ajoutée aux projets auxquels nous participons, concernent 3 axes de développement :

  • Le suivi de la qualité des échantillons
  • L’identification de biomarqueurs
  • Développement de tests à façon

Objectif 1:

Le suivi de la qualité des échantillons

La qualité des échantillons est un paramètre critique que nous devons maîtriser depuis le prélèvement jusqu’à l’analyse. Nous mettons en place des protocoles pour limiter l’impact des manipulations sur la qualité des échantillons. Nous travaillons également sur la mesure de cet impact pour toutes nos analyses, afin de discriminer les signaux physiologiques / pathophysiologiques de ceux consécutifs aux manipulations pré-analytiques.

Objectif 2:

L’identification de biomarqueurs

Nous disposons de systèmes de quantification de facteurs solubles ultra-sensibles (Simoa, Quanterix) ou pouvant, en multipliant les paramètres, identifier des biomarqueurs composites (cytométrie de masse). Nous développons par ailleurs une capacité d’analyse en microfluidique permettant de quantifier et suivre la cinétique de production de facteurs solubles à l’échelle de la cellule unique. Enfin, nous mettons en place des méthodes afin d’identifier des biomarqueurs dans divers compartiments (organes, sang, selles..).

Objective 3:

Développement de tests à façon

Nous devons nous adapter aux besoins des projets, faire preuve d’imagination et de flexibilité face à des problématiques nouvelles pour chaque étude (volume d’échantillons, paramètres à combiner, besoin de sensibilité, coûts…). Nous allons donc mettre en place une « boîte à outils » notamment pour la détection de facteurs solubles. Par exemple, l’utilisation de nanobilles magnétiques fonctionnalisables à façon nous permet de proposer les solutions les plus adaptées à chaque problématique.

PROPOSITION DE VALEURS

Savoir-faire, équipements, technologies

L’identification de nouveaux biomarqueurs

  • Luminex, analyses à façon via couplage de billes « in-house »
  • Cytométrie de masse : 38 paramètres incluant le phénotypage, les cytokines intracellulaires, les phosphoprotéines et le cycle cellulaire. Analyses sur cellules circulantes et isolées à partir de tissus.
  • Tests ultra sensibles (Simoa, Quanterix) pour la détection de facteurs solubles.

Screening

  • Screening en cytométrie via un barcoding des cellules associées à un passeur HTS (jusqu’à 1500 échantillons/heure)
  • Screening en luminex ou Fluorospote associé à la plateforme robotique (cytokines, anticorps)
  • Screening à très haut débit en microfluidique (en développement)

Ce savoir-faire est continuellement enrichi par les développements que nous réalisons en interne. La pertinence des résultats obtenus grâce à ce savoir-faire passe par l’optimisation des procédés liés à la manipulation des échantillons ainsi qu’à la mesure de l’impact de ces manipulations pour chaque analyse.

Equipement UTEC3

RÉSEAUX & PARTENAIRES

Logo Macs
Logo SFR Biosciences
Logo ABL - Advanced Bioscience Laboratories
Logo Institut Pasteur

Highlights & Publications

ACTUALITÉS & PUBLICATIONS

  • Deux plateformes d’analyse en microfluidique en gouttes ont été installées sur notre site de Paris.
  • La société ABL partagera nos locaux lyonnais à partir de juin 2016.
  • BIOASTER a participé à la validation des anticorps Miltenyi biotec pour la cytométrie de masse : En savoir plus.

Publications

  • “Neonatal regulatory B cells are infected by human respiratory syncytial virus and are predictive of acute bronchiolitis severity”Dania Zhivaki, Sébastien Lemoine, Annick Lim, Ahsen Morva, Pierre-Olivier Vidalain, Liliane Schandene, Nicoletta Casartelli, Marie-Anne Rameix-Welti, Edith Dériaud, Benoit Beitz, Maryline Ripaux-Lefevre, Jordi Miatello, Brigitte Lemercier, Delphyne Descamps, Jean-François Eléouët, Sabine Riffault, Olivier Schwartz, Fabrice Porcheray, Françoise Mascart, Xiaoming Zhang, Pierre Tissières, and Richard Lo-Man.  Article soumis
  •  “CyTOF analysis reveals proinflammatory and antiinflammatory DC subsets in newborn blood with different pathogen reactivities” Sébastien Lemoine, Xiaoming Zhang, Benoit Beitz, Maryline Ripaux-Lefevre, Fabrice Porcheray, Claude Leclerc and Richard Lo-Man. Présentation orale au congrès européen d’immunologie (Vienne, Autriche, Sept 2015).
  • “Biosafety of Cell Sorting : A New Rapid Standardized Procedure to Evaluate Biocontainment Quality”     T. Andrieu, C. Couturier, D. Lestrade, S. Dussurgey, N. Déchamps and J. Baijer. Presentation orale, Cyto meeting  (Glasgow, juin 2015).
  • « Biosécurité : Méthode simple de mesure du confinement des trieurs », Thibault Andrieu, Céline Couturier, Delphine Lestrade, Sébastien Dussurgey, Nathalie Déchamps, et Jan Baijer. Poster, congrès de l’Association Française de Cytométrie (Lille, novembre 2014).